1、海参自身残饵、粪便和死藻、动植物尸体污染
该病的病因主要是细菌感染，常常伴有霉菌毒素及寄生虫侵袭导致继发性感染。海参是底栖生物，长期生活在养殖环境的底部。而池底既是氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有毒害 物质的聚毒层又是致病菌、寄生虫的栖息场所。尤其是养殖多年的未清塘池塘的参圈和海参冬眠前没有进行底质改良的圈，海参在冬眠后和翌年出礁前长时间生活在低氧区、聚毒层和细菌、寄生虫栖息场所导致机体抗病力下降，从而出现翌年开春化冰后受低温寒潮的影响出现摇头、肿嘴、导致大面积发生
海参腐皮综合症在3月中下旬随着气温回升和光照强度的增加，养参塘开始化冰。此时池塘的正常水温在7—8℃，而化冰后池塘水温就会下降3—5℃。如遇大风降温水温下降更快，很可能对海参造成危害。化冰后在池塘的表面有一层20—40CM的低盐度水体，极易造成水体分层，应及时、缓慢排淡并加水保持水深在1.8米左右。
化冰后水温低，池塘积累了一冬天的有毒害物质，必须使用一种快速、有效的物质或手段解决——解毒、氧化型底改、消毒、补充有益菌 连续使用2—3次即可解决海参池塘底黑、海参僵硬、不出爬、海参化皮综合症（肿嘴、摇头、排脏、化皮）的 问题
2、缺乏营养，机体虚弱，难以抵御自然灾害
海参在大自然环境中，通过不断摄取食物补充体内营养的不足。而在人工养殖环境中活动区域受到限制，在加上放养密度大，饵料匮乏，摄取不到满足生理、生活、生长的营养 （维生素、营养盐、矿物质）要求，导致体质虚弱，出现海参体细长发软、爬行力缓慢，有的参圈出现“灰耗子”类症状。由于营养不平衡或营养缺乏，可摄取的食物又受到区域限制，一旦发生低温、寒潮、大风抗应激能力下降发生冻伤而导致发生腐皮症。
在开春后漫长的同温期（上下水温温差极小）水体上下不对流造成底部缺氧加快有机质的腐烂变质。而春季出爬后海参处于一年中胃口最好、体质最差阶段，摄食无选择性。如果不投料补充营养，海参只能吃底栖藻类和变质的有机质（死藻、死亡的大型水草）。一旦底部出现问题就会诱导海参发病。经常遇到的情况是：海参出礁越早发病越早的现象。
3、扁形虫的危害
扁形虫目前是海参成参养殖危害最大的寄生虫，多发生在多年未清淤底质老化的参圈。 其感染症状与腐皮综合症病症极为相似
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