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9月12日,洪水刚刚退去，湖北省水产良种试验站孝南基地全体干部职工立即行动，对池塘、孵化设施、育种车间、育苗池、进排水渠道、办公楼及生产用房等淹水区域进行全面卫生防疫，确保大灾无大疫。
一是对灾区进行全面彻底消毒。退水后，对所有过水区430亩面积进行大扫除并消毒，重点清理下水道、进排水沟渠，不留死角。
二是搞好生活区的饮食安全保障。重新购置孝南基地食堂的餐桌板凳，配置新的冰箱，能用的餐具清洗后进行高温消毒处理，所用井水用漂白粉澄清消毒，加强对食堂食材原料、食品容器的管理，提醒工作人员注意厕所、垃圾等地卫生，做好饮食安全保障。
三是规范处理死亡的水生动物。严格按农业部无公害化规程处理死亡的水生动物，日常巡塘带捞网、桶等工具，遇到将死或死亡的鱼捞起深埋，网具、桶及时用高锰酸钾或漂白粉消毒处理然后爆晒备用。
四是做好通长江水域的疫情宣传和防护。此次灾情因长江疫区水涌进孝南基地，省良种试验站特别强调对血吸虫的防范，抬网、下水穿水裤，戴手套，做好血吸虫的防护工作。
五是加强生产安全管理，减少高温季节对鱼类的损伤。灾后复产任务紧急，但高温季节抬网容易伤鱼，基地工作人员利用早间和天黑前气温相对较低的时间进行抬网分池，操作细致，消毒及时，减少高温季节操作对鱼种和亲鱼的损伤。
此外，湖北省水产良种试验站生产技术科还组织了专业技术人员深入临近渔业受灾区，指导当地渔民、渔业合作社成员防病治病，免费发放灾后防病宣传资料，共同做好水产疫病的防治工作。
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