西伯利亚鲟早期发育相关功能基因的研究取得新进展 |
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2016-11-04 15:29:00 水产养殖网 出处：通威5A鱼苗
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近日，科研人员在调控西伯利亚鲟侧线发生发育关键基因的研究方面取得了积极进展。研究成果相继发表在《PLOS One》、《BMC Genomics》等国际期刊上，这将有助于深入揭示西伯利亚鲟早期发育分子调控机制，对进一步认识电感受器的起源与进化奠定基础。
该项目获得国家自然科学基金青年项目支持，项目团队运用 Illumina 二代测序技术对西伯利亚鲟胚胎发育的大卵黄栓期、宽神经板期、尾牙分离期以及胚后的1 日龄仔鱼、11 日龄仔鱼、64 日龄仔鱼壶腹器官进行转录组学研究，全面分析了西伯利亚鲟早期发育的基因表达图谱，经测序得到 457725868 条序列，约 45G clean data 的转录组数据。经过 denovo 组装后获得 278,167 个 unigene 。GO 功能分类注释了 43062 个 unigene ， KEGG 分析将 29526 个 unigene 注释到 329 个通路上。从大卵黄栓期到 11 日龄仔鱼共发现 3479 个差异表达基因；利用STEM软件进行差异基因表达趋势分析，得到了每个发育阶段优先表达的基因簇。对大卵黄栓期、宽神经板期、64 日龄仔鱼壶腹器官差异基因进行 GO 和KEGG功能富集发现 260 个与形态分化相关基因和 517 个与发育相关基因。
研究发现，侧线系统发育相关基因在胚胎时期就有表达。在其它物种中报道过与侧线系统发育相关基因例如 six3a 、 sox17 、 HOXD10 、 wnt11b 、 eya3 等，在西伯利亚鲟胚胎发育过程中的表达有差异。后续的 qPCR 实验，进一步验证了转录组测序效果。
西伯利亚鲟隶属辐鳍亚纲 (Actinopterygii) 、软骨硬鳞总目 (Chondrostei) 、鲟形目 (Acipenseriformes) 、鲟科 (Acipenseridae) 、鲟属 (Acipenser) ，因其具有抗病能力强、易驯化、苗种培育成活率高、生长快等特点，已成为中国鲟主要养殖种类之一；西伯利亚鲟是最早发展出来的硬骨鱼类、是进化发育研究的重要材料，在鱼类系统进化中占据重要地位。鲟形目鱼类是少数具有跟软骨鱼类似的电感受器的硬骨鱼之一，研究鲟鱼侧线系统发育对探讨电感受器的进化起源有着重要意义。
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